Уничтожение персональных данных - это их безвозвратное удаление, после которого восстановить сведения невозможно ни вами, ни кем-либо еще: для бумаг это шредер или сжигание с составлением акта, для электронных данных - удаление с перезаписью или физическое уничтожение носителя, а не перенос в корзину.
Но при увольнении уничтожают не все подряд. Часть кадровых документов - трудовой договор, приказы, личная карточка - хранится установленные архивным законодательством сроки, иногда десятилетиями, и раньше времени их уничтожать нельзя. Под уничтожение попадают данные, которые собирались для целей, переставших существовать после увольнения: например, копии документов сверх обязательного минимума, данные для пропускной системы, доступы в корпоративные сервисы.
На практике порядок такой: назначается комиссия или ответственное лицо, составляется акт уничтожения с перечнем данных, датой и способом, акт подписывают и хранят как подтверждение того, что компания выполнила обязанность. Срок - до 30 дней с момента, когда данные стали не нужны для цели обработки, если иное не установлено законом об архивном деле.
Если данные хранятся в информационной системе, а не на бумаге, пропишите это отдельно в локальном акте о защите персональных данных: там должен быть порядок и для электронного, и для бумажного уничтожения, иначе при проверке Роскомнадзора именно этот пробел находят чаще всего.