Отдельное уведомление именно про сотрудников оформлять не нужно. Работодатель, как и любой другой оператор, подает в Роскомнадзор одно уведомление, где среди прочего указывает цель обработки персональных данных сотрудников - заключение и исполнение трудовых договоров, кадровый учет, начисление зарплаты. Если компания уже подавала уведомление под другие цели (клиенты, подрядчики), кадровую обработку добавляют туда же, а не оформляют новый документ с нуля.
Уведомление подается через личный кабинет на сайте Роскомнадзора pd.rkn.gov.ru до начала обработки данных - то есть до того, как в компании появится первый сотрудник или клиент, чьи данные вы начнете собирать. В форме указывают полное наименование организации, ИНН, категории обрабатываемых данных, цели обработки, сроки хранения и меры защиты. Для кадровой части это, как правило, ФИО, паспортные данные, СНИЛС, адрес, банковские реквизиты для зарплаты и сведения об образовании.
Дальше уведомление в РКН - это только один пункт. Параллельно нужны трудовые договоры с формулировками про обработку персональных данных, письменное согласие сотрудника (кроме случаев, когда обработка идет прямо в силу Трудового кодекса, без отдельного согласия), приказ о назначении ответственного за обработку и правила хранения личных дел. Если что-то из этого списка уже подано, повторную подачу уведомления делать не нужно - его актуализируют, только когда меняются цели или категории данных.