Проверка уведомления обычно начинается документарно: Роскомнадзор запрашивает копию поданного уведомления, политику обработки персональных данных и пояснения о том, какие данные собираются и с какой целью, и дает срок на ответ - как правило, несколько рабочих дней или недель, срок указан в самом запросе. Отвечать нужно в срок и по существу, а не общими фразами.
Если документы устраивают инспектора, на этом проверка может закончиться. Если находят несоответствия - например, уведомление подано на одни цели обработки, а сайт собирает данные для других, или уведомление вообще не подавалось, - назначается либо выездная проверка, либо сразу составляется протокол об административном правонарушении по статье 13.11 КоАП.
При выявленных нарушениях обычно выдают предписание устранить их в конкретный срок: актуализировать или подать уведомление, привести в порядок формы согласия на сайте. Игнорировать предписание опаснее, чем сам факт первичного нарушения - за неисполнение предписания предусмотрена отдельная ответственность.
Проще всего к такому запросу подготовиться заранее: держать под рукой актуальную копию уведомления, политику обработки и список того, какие формы на сайте какие данные собирают - тогда ответ на запрос занимает час, а не несколько бессонных дней.