Проверка Роскомнадзора по 152-ФЗ обычно проходит документарно: вас уведомляют о проверке заранее (для плановой - за несколько дней, для внеплановой сроки короче или уведомления может не быть вовсе), присылают запрос на предоставление документов и информации, а вы направляете ответ в указанный срок, не выезжая никуда лично. Выездные проверки с осмотром офиса тоже бывают, но встречаются реже.
Смотрят прежде всего на то, есть ли у вас в принципе правовые основания для обработки данных - согласия субъектов, договоры, - подано ли уведомление в реестр операторов, есть ли политика обработки персональных данных в открытом доступе и назначен ли ответственный за организацию обработки данных внутри компании. Отдельно проверяют, соответствуют ли реальные технические меры защиты тому уровню защищенности, который требуется для ваших данных.
Готовиться стоит заранее, а не после получения письма: соберите в одном месте политику конфиденциальности, формы согласий, уведомление в Роскомнадзор (или подтверждение, что оно не требуется для вашего случая) и приказ о назначении ответственного за ПДн. По итогам проверки составляется акт, и если находят нарушения, дают срок на устранение - обычно это быстрее и дешевле, чем штраф за то, что нарушение не устранили вовремя.